Управление Центром осуществляется в соответствии с законодательством РФ и Уставом центра на основе сочетания принципов самоуправления коллектива и единоначалия.
Органом самоуправления Центра является общее собрание трудового коллектива.
Общее руководство Центром осуществляет выборный представительный орган — Ученый совет.
Непосредственное руководство Центром осуществляет, прошедший соответствующую аттестацию, директор, назначаемый на должность и освобождаемый от должности министерством образования и науки Самарской области.
Директором центра является Татьяна Николаевна Клюева, кандидат психологических наук, Почетный работник общего образования Российской Федерации.
Руководство учебно-методической, научной, административной деятельностью, а также деятельностью, связанной с информатизацией Центра, осуществляют заместители директора.
Заместителем директора по учебно-методической работе является Илюхина Наталья Валерьевна.
Заместителем директора по научной работе является Карамаева Любовь Александровна.
Заместителем директора по административно-хозяйственной части является Петряшина Елена Александровна.