Статус и функции структурных подразделений определяются положениями о них, принимаемых ученым советом Центра и утверждаемых директором Центра.
В настоящее время в структуру Регионального социопсихологического центра входят следующие структурные подразделения:
Бухгалтерия
Отдел кадров
Кафедра социально-гуманитарных наук
Лаборатория практической психологии в системе образования
Методический отдел
Отдел профилактики деструктивного поведения обучающихся
Отделы психолого-педагогического сопровождения образовательного процесса в образовательных учреждениях
Отдел социально-педагогического сопровождения образовательного процесса в образовательных учреждениях области
Редакционно-издательский отдел
Постоянно действующая территориальная психолого-медико-педагогическая комиссия